El día de las apariciones de Nuestra Señora comenzó una nueva historia de Medjugorje. Pasó por una cacería comunista sin precedentes contra los franciscanos, la Iglesia, los videntes y los fieles. A los franciscanos no se les permitía construir nada, vivían en condiciones casi inhumanas, especialmente las monjas (puedes leer más sobre esto en el libro del P. Tomislav Pervan » En las fuentes de Medjugorje» )
Sólo el cielo salvó a Medjugorje de consecuencias catastróficas, pero también la influencia de una fuerte carga religiosa que se encendió en los corazones del pueblo con la aparición de la Reina de la Paz. Podemos concluir que después de las apariciones de María, la fe del pueblo soportó todas las posibles amenazas, represiones y persecuciones comunistas junto con videntes y sacerdotes, y que a pesar de todo esto, la vida sacramental se fortaleció. La ofrenda espiritual, el ritmo de oración y el programa dieron como resultado un río de caminantes que inundó la Iglesia de Santiago, apóstol, que también es el santo patrón de los peregrinos y que ofreció al mundo una gracia que captura y transforma el mundo.
Un impresionante programa de oración diaria se convirtió en el catalizador de eventos espirituales. La iglesia se llenaba cada día más y los peregrinos dormían en la iglesia incluso de noche. Mencionemos también que en ese momento no existían actividades de servicios. El área frente y alrededor de la iglesia era el páramo polvoriento más común. Precisamente aquí están las raíces de esta práctica actual, que proclamó a Medjugorje como confesionario del mundo y milagro sacramental.
Los datos que tenemos de aquella época son significativos e impresionantes y se refieren al número de misas celebradas en Medjugorje. Sólo en la misa concelebrada por la tarde en 1986 participaron 4.015 sacerdotes; las cifras registran un crecimiento increíble en 1987, cuando el número de sacerdotes ascendió a 14.335 sacerdotes. También es significativo el número de obispos peregrinos. En 1988, 50 obispos y cardenales visitaron Medjugorje, sin contar los que llegaron de incógnito. Ese número siguió creciendo. Es interesante señalar como curiosidad el hecho de que el 6 de octubre de 1990, cinco obispos se encontraban en Medjugorje al mismo tiempo.
